拝殿の由緒に拠れば創建は大化三年（６４７）、祭神は大山祇神。延喜七年（９０７）に豊前（大分）の 宇佐神宮（公式サイト）から八幡神※を勧請し約１ｋｍ西の雄徳山（現在の大男山）山頂に合祀し石徳高神社と称した。
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※八幡神： 武運を司る神「弓矢八幡」として武家・特に清和源氏や桓武平氏の崇敬を受けた神。現在の神道では第１５代応神天皇 .
源頼信の頃（平安末期の西暦１０００年前後）に現在の地に遷ったと伝わる。従って 北條時政 が文治五年（１１８９）の創建した 願成就院とは比較できないほど古い由来を持つ。 （大男山と守山八幡宮の地図上の位置 を参照）
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当初は守山総社八幡と呼ばれ、上條・下條・中條・南條の四郷を束ねる総社だった。覇権を握った後に 源頼朝 が社殿を寄進しており、現在の本殿は寛永九年（１６３２）の築造、徳川家康譜代の家臣・榊原清政の嫡子で久能城々代を務めた榊原大内記照久の造営による。
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隠居した家康の居城だった久能城は家康の死後に久能山東照宮となって照久が初代神主を務め、彼の子孫が代々の神職を世襲するのだが、照久が遠く離れた守山八幡の社殿を造営した経緯は判らない。今でこそ同じ静岡県だが当時は伊豆と駿河に分かれていた．．．源氏の末裔を僭称した家康に阿って頼朝の挙兵地に寄進した可能性はありそうだ。
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本殿の左右には祠の痕跡と思われる崩れた石積みがあり、かつては境内社として枚岡神社・香取神社・鹿島神社・松尾神社・松川神社・塩釜神社・若宮八幡社などが祀られていた、らしい。石垣の傍らに置かれた変った形の石はその祠の名残だろうか。
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頼朝旗挙げの地とされるが、吾妻鏡には守山八幡宮に関する記述はない。挙兵当日（１７日）の記事には「戌の刻（２０時前後）、北條邸の下女の元に通って来た 山木兼隆 の雑色（下級家臣）を捕えた」との記述あり、更に合戦の準備などを考慮すれば兼隆討伐の舞台は北條邸から出発したと判断される。
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ただし同日後半の記載には「放火を命じた兼隆邸の煙が見えないため厩舎人（馬の世話係）の江太新平次を樹に登らせたが、やはり確認できなかった」とあり、神経質な性癖の頼朝が本陣を置いたのは兼隆邸（韮山の山木地区）の方向が眺められる場所だった、事になる。当時の北條邸敷地からは守山の北麓に遮られて韮山山木は見通せないから、兵を送り出した後に守山東側中腹の八幡宮本殿（北條邸から直線で２００ｍ弱）に移動し、２ｋｍ東の兼隆邸方向に目を凝らしていた、と考えられる。
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挙兵から１５年が過ぎた建久六年（１１９５）、思いがけず吾妻鏡に守山八幡宮の記述が現れる。勿論、願成就院が建立された以後である。
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【 吾妻鏡　建久六年（１１９５）　１２月１６日 】
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